Интернет-магазины должны применять специальную онлайн-кассу, которая не печатает чеки. Она сразу отправляет чеки покупателю и налоговикам. Такие разъяснения дал Минфин в письме от 01.03.17 № 03-01-15/11618 

По новым правилам компании обязаны пробивать чек, если покупатель оплачивает товар по интернету. В письме № 03-01-15/11618 Минфин разъяснил, что касса должна направлять чек покупателю и в ИФНС в момент, когда банк исполнит поручение о переводе денег.